构成土地出让价格的组价内容，与土地受让前的成交价格存在必然的联系。但是同样作为政府性基金的城市基础设施配套费则不然，我们认为，与TOD模式的开发建设项目类似的逻辑，政府（一般为轨道交通部门）对于位于城市规划区域内政府投资建设的轨道交通特定辐射范围内的建设项目会要求投资建设的补偿，同样的在新建或者改扩建项目上由城市规划和建设部门收取的城市基础配套设施费属于城市基础设施建设的补充性基金，不构成土地出让环节土地出让成交价格的组价内容。
实际上，财政部和国土资源部在关于土地成交价款的管理规范性文件层面也对两者的管理模式进行了明确区分。根据《财政部国土资源部中国人民银行关于加强土地成交价款管理规范资金缴库行为的通知》（财综〔2009〕89号，以下简称“89号文件”）第一条规定，土地成交价款是政府以土地所有者的身份收取的非税收入，与国家作为社会管理者凭借政治权力取得的政府性基金收入不同，应当区别对待。此条规定也侧面印证了由国土资源部门收取的市政配套设施费构成土地出让成交价格组价内容，而由城市规划和建设部门在建设阶段从城市基础设施完善和加强的角度依据行政权力征收的城市基础设施配套费则与之有严格区别。
此外，89号文件第三条也明确要求由土地受让人承担的城市基础设施配套费一律在土地成交价款之外单独收取，并按照有关规定及对应的政府收支分类科目，缴入国库，不得与土地成交价款混库。
综上，作为土地出让成交价格组价内容的市政配套设施费与土地出让形成了必然的联系，而在土地成交价款外由城市规划和建设部门单独收取的城市基础设施配套费显然与土地出让成交价格不存在必然联系。两者虽同属政府性基金范畴，但性质不同。
四、关于城市基础设施配套费是否应当作为契税计税依据的推论
2012年《闲置土地处置办法》（国土地资源部53号令，以下简称“53号令”）出台之前，存在未完成拆迁平整的“毛地”出让。所以作为在此时点之前的2004年出台的134号文，其规定协议出让方式下，土地成交价格包含市政建设配套费也有其政策背景。
而且134号文作为税收规范性文件，将市政配套设施费含括在土地出让场景下的契税计税依据内的规定符合原契税暂行条例的精神。作为尚未废止的文件，其当然也符合新契税法的立法精神。本质原因自然是因为市政配套设施费构成了土地出让成交价格的组价内容。
城市基础设施配套费则不同于市政建设配套费，无论是在协议出让亦或是竞拍出让的场景下，都不构成土地出让成交价格的组价内容。根据新契税法第四条关于契税计税依据的规定：“土地使用权出让、出售，房屋买卖，为土地、房屋权属转移合同确定的成交价格。”这里面显然有个关键前提，就是出让场景下的契税计税价格应当是权属转移合同层面确定的成交组价，这就意味着这些责任应该附属于土地出让合同之内。城市基础设施配套费显然不附属于土地出让合同之内。
然而23号公告第二条规定在134号文的基础上，将市政建设配套费的内涵外延扩大至城市基础设施配套费，我们理解两者的内涵和外延并非一致。23号公告作为税收规范性文件，确实可能面临与上位法规定冲突的效力性问题。
当然，站在纳税人的角度，我们仍然提倡的是纳税遵从。